Chardonnays historia är lite dunkel och många har genom åren spekulerat kring dess ursprung. Den första teorin hävdade att chardonnay var nära släkt med pinot noir eller pinot blanc. Dessa druvor har odlats i samma region i Frankrike som chardonnay i århundraden och löven på plantorna har nästan identisk form och struktur. 

Nästa teori hävdade att chardonnay bildats från den vilda plantan vitis vinifera. Det skulle göra chardonnay till en nära släkting till muscat och en av de allra första druvorna i världen.

Chardonnays historia fick ännu större frågetecknen när vinodlare i Libanon och Syrien hävdade att man kan spåra druvans rötter till Mellanöstern, och att druvan kom till Europa när korstågens alla män återvände hem. Den teorin hade inte stort genomslag eftersom det saknades vetenskapliga bevis för den.

En fjärde teori hävdar att druvan har sitt ursprung i en urgammal druvsort från Cypern.

Modern DNA teknik säger att chardonnay uppstod som en korsning mellan pinot och gouais blanc. Man tror att romarna tog med sig gouais blanc från Balkan och sedan odlades den av bönder i östra Frankrike. På så vis odlades den nära pinot, den franska aristokratins favorit, och gav druvorna möjlighet att blandas. Denna teori stöds av chardonnays syskondruvor, som aligote, bachet noir, gamay blanc, gloriod och peurion som också är korsningar mellan pinot och gouais blanc.